Badan Penjaminan Mutu (BPM) UMSIDA secara resmii dibentuk pada tahun 2010 yang pada saat itu cakupan tugasnya masih spesifik mengurusi akreditasi program studi (Prodi). Sejalan dengan peraturan pemerintah, terkait dengan kegiatan penjaminan mutu proses pembelajaran dan meliputi perencanaan sasaran mutu, monitoring dan evaluasi pelaksanaan rencana mutu, serta pemeliharaan dan peningkatan mutu secara berkesinambungan. Program peningkatan mutu antara lain berupa pelatihan-pelatihan dosen agar memiliki kompetensi pendidik dengan kemampuan desain pembelajaran yang baik. Untuk meningkatkan mutu secara berkelanjutan (Continous Quality Improvement), relevansi dan efisiensi layanan BPM UMSIDA di era global, maka pengelolaan mutu membutuhkan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI), ada akhirnya target utama BPM UMSIDA ke depan adalah terbentuknya sistem penjaminan mutu yang sistematis dan terpadu baik bidang akademik dan non-akademik di lingkungan UMSIDA.

UMSIDA telah merumuskan visi, misi, tujuan, sasaran, (VMTS) dan strategi pencapaiannya secara lugas, jelas, realistik, dan integratif dengan melibatkan seluruh pemangku kepentingan. Rumusan Visi UMSIDA “Menjadi Perguruan Tinggi Unggul dan Inovatif dalam Pengembangan Ilmu Pengetahuan, Teknologi, dan Seni berdasarkan nilai-nilai Islam untuk Kesejahteraan Masyarakat” diproyeksikan sampai dengan tahun 2038 dengan target capaian UMSIDA pada posisi ASEAN Recognition.

Untuk mencapai visi 2038, maka UMSIDA telah membuat tahapan-tahapan pencapaiannya dalam masa 20 tahun, yang terbagi ke dalam 5 tahapan pencapaian (mile stone), yaitu: Tahap I, Good University Governance (2017/2018 s/d 2021/2022); Tahap II, National Recognation (2021/2022 s/d 2025/2026); Tahap III, National Competitiveness (2025/2026 s/d 2029/2030); Tahap IV, ASEAN Networking (2029/2030 s/d 2033/2034); dan Tahap V, ASEAN Recognition (2033/2034 s/d 2037/2038).

UMSIDA juga telah menjalankan tata pamong, kepemimpinan, dan tata kelola berbasis sistem informasi yang terintegrasi yang mampu mengelola UMSIDA secara kredibel, transparan, akuntabel, bertanggung jawab, dan adil. Tata pamong telah memiliki kelengkapan struktur kelembagaan yang dibutuhkan dengan rumusan tugas pokok dan fungsi yang jelas, sehingga masing-masing dapat bekerja secara efektif dan efisien.

Komitmen terhadap mutu pendidikan ditunjukkan melalui implementasi Rencana Pengembangan (RenBang), Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) dan Sistem Penjaminan Mutu Eksternal (SPME) yang pelaksanaannya dikoordinasikan oleh Badan Penjaminan Mutu (BPM) yang telah mengimplementasikan prinsip Perencanaan-Pelaksanaan-Evaluasi-Pengendalian-Peningkatan (PPEPP) dan ditunjang dengan analisis manajemen risiko dimasing-masing UPPS dan UPPA.

Secara resmi BPM UMSIDA dibentuk pada tahun 2010 yang dikepalai oleh Dr. Hana Catur Wahyuni, M.T (periode 2010 s/d 2019) dan selantujnya oleh Dr. Nurdyansyah, S.Pd., M.Pd (periode 2019 s/d sekarang). Sejalan dengan peraturan pemerintah, terkait dengan kegiatan penjaminan mutu pada perguruan tinggi maka implemetasi PPEPP berbasis manajemen risiko di UMSIDA telah dijalankan dengan sangat baik. Seluruh kegiatan yang diselenggarakan UPPS dan UPPA dilakukan standarisasi mutu, monitoring dan evaluasi pelaksanaan rencana mutu, serta pemeliharaan dan peningkatan mutu secara berkesinambungan.

Program peningkatan mutu antara lain berupa pelatihan dosen dan tendik agar memiliki kompetensi pendidik dan tenaga kependidikan yang profesional dan amanah dengan kemampuan dan mutu yang baik dalam rangka meningkatkan mutu secara berkelanjutan (Continous Quality Improvement).  Target utama BPM UMSIDA ke depan adalah terbentuknya sistem penjaminan mutu dan budaya mutu yang sistematis dan terpadu baik bidang akademik dan non-akademik di lingkungan UMSIDA.