Guna menjaga penerapan sistem manajemen mutu di laboratorium, serta menilai kesiapan laboratorium dalam menunjang kegiatan riset ilmiah, eksperimen, pengukuran ataupun pelatihan ilmiah yang dilakukan oleh dosen dan atau mahasiswa Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, maka Tim Mutu BPM UMSIDA telah melaksanakan audit laboratorium pada bulan September 2016. Adapun laboratorium yang teraudit sebanyak 14 laboratorium dari semua fakultas yang ada di UMSIDA.